As terras onde hoje está localizado o município de Bom Conselho foram inicialmente habitadas pelas tribos Xucuru e Fulni-ô.

Em 1630, no período da invasão holandesa, organizou-se na localidade uma comunidade de negros chamada de Quilombo de Pedro Papa-caça. O nome se referia à estratégia utilizada pelos habitantes de esconderem-se nas matas, cultivando mais a caça do que a agricultura. Em 1645, a comunidade foi desmantelada por uma expedição militar holandesa chefiada por Blaer Reijmbac.

Em 1712, a família Vilela, de Portugal, adquiriu essas terras e deu início à organização da fazenda Papa-caça. A população crescia a olhos vistos. Assim, em 1887, transformou-se em freguesia.

A partir de 1860 passou a denominar-se Bom Conselho em razão da construção do monumental Colégio Nossa Senhora do Bom Conselho. Esse foi o primeiro educandário de grande porte para a educação feminina no Nordeste. É célebre a frase do seu fundador, o capuchinho Frei Caetano de Messina: "Educando-se uma menina, educa-se uma mãe; educando-se uma mãe, transforma-se uma sociedade".

Em 03 de agosto de 1892, Bom Conselho tornou-se município autônomo, através da Lei providencial nº 52. Seu primeiro governo municipal foi empossado em 28 de dezembro do mesmo ano, data em que ocorre anualmente a festa de emancipação de Bom Conselho.

Administrativamente, o município é formado pelos distritos sede, Barra do Brejo, Caldeirões, Lagoa de São José, Igreja Nova, Rainha Isabel e Cachoeira do Pinto.