O nome do município teve origem na história de dois irmãos. Um deles era conhecido por todos pelo apelido de Canhoto e, como forma de diferenciá-los, o outro ficou sendo chamado de Canhotinho.

O povoamento da cidade teve início por volta do ano de 1812, quando os dois irmãos, muito religiosos, construíram uma capela em homenagem a São Sebastião.

A construção atraiu pessoas de todas as partes que foram estabelecendo residência no local, originando o povoado. Para homenagear o seu primeiro morador, o povoado ficou conhecido como Canhotinho.

A freguesia de Canhotinho foi criada pela Lei provincial de nº 1.706, datada de 01 de julho de 1882. Poucos anos depois, sua sede foi elevada à categoria de comarca, por Decreto estadual nº 21, de 02 de outubro de 1890, sendo desmembrado do município de São Bento do Una.

A sua elevação à categoria de cidade foi efetivada pela Lei estadual de nº 607, de 14 de maio de 1903. Constituiu-se em município autônomo em 23 de janeiro de 1893.